Гульжаухар Кокебаева окончила в 1985 году аспирантуру Института всеобщей истории при Академии наук СССР в Москве. Защитила докторскую диссертацию по проблеме военнопленных в СССР и Германии.
В 2003 году проходила научную стажировку в Рурском университете в Германии. В 2005 - 2007 годах собирала информацию о Казахстане в архивах Германии, Венгрии и Польши.
Под авторством Гульжаухар Кокебаевой изданы учебники по истории для средних школ. С 2001 года преподает в Казахском национальном университете имени аль-Фараби.
Видеозапись онлайн-конференции: